Razkuževanje ponavadi izvedemo na celotnem molznem sistemu in ne le na sesnih gumah. V nekaterih državah izvajajo razkuževanje molznega stroja po vsaki molži. Razkuževanje se pri nekaterih pralnih avtomatih, ki jih imamo tudi v Sloveniji, opravi samodejno (naši zastopniki so to funkcijo večinoma blokirali) ali pa bi ga bilo potrebno opraviti ročno. Omenjeni sistem bi bilo priporočljivo uporabiti pri molznih strojih, v katerih ostajajo nečistoče, in pri razkuževanju vakumskega voda, ki ga večina ne razkužuje, kar slabo vpliva na higiensko kakovost mleka.
Pri uporabi razkužil moramo upoštevati nekaj dejavnikov:
- molzni stroj po razkuževanju speremo s čisto pitno vodo;
- dodatna količina kemikalij se znajde v okolju;
- spiranje cevnega sistema pomeni dodatno porabo vode;
- nabava razkužil pomeni dodatni strošek.
Zato bi morali izbrati kemikalije, ki so hitro razgradljive, nenevarne za uporabnika in po njihovi uporabi ni potrebnega spiranja. Navedenim zahtevam se je najbolj približalo razkužilo, ki učinkuje na osnovi elektrooksigenirane vode. Njegove odlike pred drugimi razkužili so, da je nenevarno okolju, popolnoma varno za pripravo in ima dobro učinkovitost, saj deluje tudi na plasti, ki se naberejo v cevnem sistemu molznega stroja. Pri uporabi takšne vode ni potrebno narediti nobenih sprememb na molznem stroju. Po končanem pranju še enkrat namesto čistilnega sredstva brez ogrevanja spustimo v obtok dezinfekcijsko raztopino. Omenjeni postopek priporočamo pri molži na stojiščih in molži v vrč. Lahko pa razkužilo uporabimo tudi pri molži v molziščih.
Če povzamemo na kratko, naj čiščenje in dezinfekcija molznega stroja potekata po takšnem vrstnem redu:
- po končani molži moramo sprati nečistočo s površine molznega stroja s toplo vodo;
- z vodo, ogreto na 38 do 43 °C iz molznega sistema speremo zaostanke mleka, dokler voda ni videti čista;
- z vročo vodo speremo molzni sistem pred začetkom uporabe detergenta;
- vroča raztopina detergenta, ogreta na 60 do 70 °C, naj kroži vsaj od 5 do 8 minut;
- detergent izperemo iz sistema;
- molzni sistem razkužujemo,
- na koncu ga speremo ter posušimo.
Sesne gume občasno zamenjamo. Glede določanja časa menjave gume upoštevajmo navedbo proizvajalca o obstojnosti gumastih delov. Precej je odvisno od sestave mase, iz katere so narejene gume. Več ko je v sestavi silikonskih spojin, daljša je njihova obstojnost, vendar je tudi njihova cena višja. Če gume niso silikonske, lahko opravimo bris z vatenko, ki postane umazana ali črna pri dotrajanih gumah, kar pomeni, da jih moramo zamenjati.